南通市科协成立于1959年1月，现由79个市级学（协、研究）会和海安、如皋、如东、通州、海门、启东、崇川、港闸等8个县（市）区科学技术协会组成，联系7个高校（大学生）科协、209个企业科协、93个街道科协、109个乡镇科协和565个农技协等基层组织。南通市科协机关内设办公室、组宣部(挂“南通市院士联系服务部”)、学会学术部（挂“国际联络部”）和科学技术普及部等4个职能部室，辖南通科技馆、南通市科技人员进修学院和南通市科技咨询服务中心等三个直属事业单位。南通市科协工作连续八年被江苏省科协评为综合先进，2007年度综合考评获全省第一名，人才工作方面连续四年蝉联南通市人才工作优秀奖。至2007年所辖8个县（市）区均被中国科协命名为全国科普示范县（市、区），村级“一站、一栏、一员”建设实现全覆盖，市区街道科普大学实现全覆盖，市、县、乡、村科协组织网络实现全覆盖。南通市科协工作被中国科协有关部门誉为“四位一体”(即高层学术论坛、品牌科普活动、高层次人才培养、倾心服务科技工作者)南通科协模式。去年底以来，以“党建促科建”学会组织建设模式，受到中国科协好评和被中央级主流媒体报道。
一、高层学术论坛。2000年以来，先后围绕“新世纪南通百万人口城市化进程”、“科技创新与跨越发展”、“世界船舶及配套产业发展高层论坛”、“发挥港口新优势，打造沿海石化城”、“沪苏通小金三角区域战略合作”、“江苏沿海开发高层论坛”等主题举办南通市学术年会、江苏科技论坛南通分论坛等高层学术论坛，周光召、吴良镛、齐康、翟虎渠等数十位著名专家以及国家、省部级领导先后来南通，为城市发展战略、港口建设、船舶工业建设等方面提供了咨询意见建议，其中吴良镛院士提出的“中国近代第一城”、“北上海”理念，为我市发展提供了全新的思路，引起市领导高度重视并采纳。在2007年“沪苏通小金三角区域战略合作”论坛开幕式上，中共南通市委书记罗一民指出该论坛具有战略性、前瞻性和创新性，是全省科技界的群英会。2008年组织承办的中国科学院学部第三届咨询评议工作委员会第十四次会议暨院士系列活动，中国科学院相关领导和16位院士相聚南通，为我市“海上风能利用”、“生物工程与生命科学”等提供技术咨询服务，其后中国科协副主席陆延昌带领专家来通为我市风电产业发展提供指导。2009年10月，由江苏、浙江、上海三省市科协和南通市委、市政府共同主办，南通市科协承办的第六届长三角科技论坛在南通召开，全国政协副主席、中国工程院院长徐匡迪院士作了“应对气候变化、发展低碳经济的主题报告影响作用深远。
二、品牌科普活动。一是南通市所属八个县（市、区）全国科普示范县(市、区) 创建实现“满堂红”，成为全国首家地级区域内创建“满堂红”的地区，跻身全国科普工作先进行列；二是积极实施“双千工程”，“千名专家兴千村”项目对接实现销售收入122.8亿元、纯利润12.4亿元，“千名专家兴千企”项目实现销售收入121.06亿元，其中“草甘膦工艺改进”、“鑫缘牌真丝绸”项目获中国名牌产品称号；三是举办大型科普活动，先后组织举办了中外科学名篇大型音乐朗诵晚会、“飞向太空——神舟航天展”、“奥运福娃欢乐广场行”活动、“科学发展观与循环经济——人与自然和谐发展”、“节能减排”、“甲型H1N1流感防控”与“应对日食日全食科普宣传”等大型科普展览；四是青少年科技创新活动屡获佳绩，市聋哑学校季烨剑同学发明的盲人书写器获全国“青少年科技创新大赛”一等奖、中国科协主席奖，2006年首次组建的南通科技馆代表队在国际机器人奥林匹克比赛中获铜牌三枚，获奖数为全国之最；在第九届国际机器人奥林匹克竞赛中，获一等奖、二等奖各1名，并荣获团体一等奖。
三、高层次人才培养。南通市科协所属市科技人员进修学院作为市专业技术人员继续教育先进教育基地，培养中高层次专业技术技能人才1983人，培养硕士研究生318人，本科学历生465人，软件人才1200人。其中，培养的硕士研究生为全市硕士层次总人数的七分之一。
四、倾心服务科技工作者。一是编发《科技工作者建议(内刊)》和编著《科技工作者献计南通科学发展》一书、设立科技工作者状况调查站点等途径积极反应院士以及全市广大科技人员的建议；二是通过开展给科技人员送温暖活动每年春节慰问400名特困科技人员；三是通过开展为具有高级职称的科技人员免费体检等活动，关心科技人员的生活和工作；四是通过评比表彰“市青年科技奖”、“市优秀科技工作者”、市“自然科学优秀学术论文”及积极推荐省、国家级“优秀科技工作者”和“青年科技奖”等途径积极拓宽引才荐才渠道；五是通过积极参与实施中国科协“海外智力为国服务行动计划”，为地方科技经济社会发展贡献力量。六是承接中国科协软课题研究，完成了《基层（县域）科技活动的组织研究》课题，2009年10月我会研究的《中国水产品质量安全现状对策》课题，获得中国科学院及中国社会科学院专家的好评，成为全国唯一一家完成两个课题的地级市科协。