南通市政协机关党委是在市级机关党工委和市政协党组领导下的机关基层党组织，其主要职责是： 一、积极宣传贯彻党的路线、方针、政策，认真执行上级党委和市政协党组的指示、决定，充分发挥机关党组织的战斗堡垒和共产党员的先锋模范作用，为完成机关各项工作任务提供思想政治保证。
二、组织机关党员学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想，学习科学发展观等新的理论成果，学习党的路线、方针、政策以及重要文件，学习政协、统战理论和科技、经济、法律、管理知识以及业务工作技能等，着力提高机关党员的素质和能力。
三、加强机关党员的管理与监督，坚持党内生活会制度，增强党内生活的原则性；督促党员履行义务，保障党员权利的正常行使和不受侵犯；严格执行党的纪律，加强党风廉政建设，弘扬正气，抵制歪风，保持党员队伍的先进性和纯洁性。
四、开展经常性的思想政治工作，了解、掌握机关人员的学习、思想、工作情况，定期分析机关人员的思想状况，坚持以人为本，按照理解人、尊重人、关心人的原则，做好经常性的思想政治工作，维护机关人员的正当权益，帮助他们解决实际困难。
五、做好机关党的组织发展工作，对入党积极分子进行教育、培养和考察，注重对优秀青年和业务骨干的培养，坚持标准，按照规定程序，做好发展党员工作。
六、协助上级党组织管理机关党组织和群众组织的干部，配合组织人事部门对机关行政领导干部进行考察、考核和民主评议，对本机关管理的行政干部的任免、调动和奖惩提出意见和建议。
七、加强对机关工会、共青团、妇委会等群众组织的领导，支持群众组织依照各自的章程独立负责地开展工作，推进机关建设。