南通市政协办公室是政协南通市委员会常务委员会的常设办事机构，其主要职责是：
    一、围绕市政协履行政治协商、民主监督、参政议政主要职能，做好秘书、服务、组织、协调等项工作，充分发挥领导的参谋和助手作用。
    二、负责政协全体会议、常委会议、主席会议和其他有关会议及活动的秘书服务工作，起草有关文件，做好有关组织协调及后勤保障工作。
    三、负责机关文书处理、档案、保密、文印及收发工作，搞好办公自动化建设。
    四、负责机关行政事务管理，管好公共财物，搞好机关的安全、保卫、卫生等综合治理工作。
    五、负责机关财务管理，编制部门预算，做好经费使用、财务结报等工作。
    六、负责上级政协、兄弟市县政协来通和市政协港澳委员的接待工作，配合市有关部门做好与市政协有关的台湾同胞、港澳同胞、海外侨胞来通的接待工作。
    七、负责机关组织人事的具体工作，协助机关党委做好党建、群团工作，负责机关计划生育工作。
    八、负责机关离退休人员的服务管理工作，帮助解决他们在学习、生活以及医疗保健等方面的问题。
    九、负责同县(市)区政协的联系，了解工作情况，及时反映他们的意见建议。
    十、负责政协委员、各界群众的来信来访工作，及时处理他们反映的有关问题。
    十一、负责政协委员履行职责情况的收集、汇总、上报和公布工作。
    十二、加强与老委员的联系，协助市政协联谊会和书画会做好服务工作。
    十三、完成领导交办的其他工作事项。